| 1. Round | 19/07/2013 | FC Ingolstadt 04 | - | Erzgebirge Aue | 1:2 | ||||
| 3. Round | 10/08/2013 | FC Ingolstadt 04 | - | Karlsruher SC | 0:2 |  |
|||
| 4. Round | 18/08/2013 | TSV 1860 München | - | FC Ingolstadt 04 | 1:0 | ||||
| 5. Round | 23/08/2013 | FC Ingolstadt 04 | - | Arminia Bielefeld | 3:2 | ||||
| 6. Round | 01/09/2013 | Dynamo Dresden | - | FC Ingolstadt 04 | 1:1 | ||||
| 7. Round | 15/09/2013 | FC Ingolstadt 04 | - | 1. FC Union Berlin | 0:1 | ||||
| 8. Round | 22/09/2013 | FSV Frankfurt | - | FC Ingolstadt 04 | 4:1 | ||||
| 9. Round | 29/09/2013 | FC Ingolstadt 04 | - | FC St. Pauli | 1:2 | ||||
| 13. Round | 01/11/2013 | SC Paderborn 07 | - | FC Ingolstadt 04 | 1:1 | ||||
| 15. Round | 23/11/2013 | 1. FC Köln | - | FC Ingolstadt 04 | 0:1 | ||||
| 26. Round | 22/03/2014 | FC St. Pauli | - | FC Ingolstadt 04 | 0:0 | ||||
| 31. Round | 20/04/2014 | VfR Aalen | - | FC Ingolstadt 04 | 0:0 | ||||
| 32. Round | 25/04/2014 | FC Ingolstadt 04 | - | 1. FC Köln | 1:1 | ||||
| 33. Round | 04/05/2014 | SV Sandhausen | - | FC Ingolstadt 04 | 0:2 | ||||
| 34. Round | 11/05/2014 | FC Ingolstadt 04 | - | Energie Cottbus | 2:0 |
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