| 3. Round | 28/07/2012 | 1. FC Nürnberg II | - | FC Ingolstadt 04 II | 4:2 | ||||
| 4. Round | 04/08/2012 | FC Ingolstadt 04 II | - | TSV Buchbach | 4:2 | ||||
| 5. Round | 08/08/2012 | VfL Frohnlach | - | FC Ingolstadt 04 II | 1:1 | ||||
| 11. Round | 08/09/2012 | TSV 1896 Rain | - | FC Ingolstadt 04 II | 2:1 | ||||
| 12. Round | 15/09/2012 | FC Ingolstadt 04 II | - | SV Seligenporten | 3:0 | ||||
| 13. Round | 22/09/2012 | Würzburger Kickers | - | FC Ingolstadt 04 II | 2:1 | ||||
| 16. Round | 06/10/2012 | FC Ingolstadt 04 II | - | SV Heimstetten | 2:2 |
Poland