1. Round 30/07/2000 Bayern München II - VfR Mannheim 2:4
2. Round 05/08/2000 VfB Stuttgart II - Bayern München II 4:1
3. Round 13/08/2000 Bayern München II - Kickers Offenbach 3:2 GoalGoal
6. Round 02/09/2000 SV Wehen-Taunusstein - Bayern München II 1:0
8. Round 17/09/2000 Sportfreunde Siegen - Bayern München II 1:0
9. Round 24/09/2000 Bayern München II - TSV 1860 München II 0:0
11. Round 08/10/2000 Bayern München II - SV 07 Elversberg 1:2 Goal
12. Round 14/10/2000 SV Darmstadt 98 - Bayern München II 1:0
13. Round 22/10/2000 Bayern München II - Wacker Burghausen 3:1 GoalGoal
14. Round 28/10/2000 Jahn Regensburg - Bayern München II 6:1
15. Round 05/11/2000 Bayern München II - Eintracht Trier 1:2 Goal
16. Round 11/11/2000 Rot-Weiß Erfurt - Bayern München II 2:5 GoalGoalGoal yellow card
17. Round 19/11/2000 Bayern München II - SC Pfullendorf 2:1
18. Round 25/11/2000 VfR Mannheim - Bayern München II 4:1
19. Round 03/12/2000 Bayern München II - VfB Stuttgart II 3:0 Goal
20. Round 08/12/2000 Kickers Offenbach - Bayern München II 1:1
21. Round 25/02/2001 Bayern München II - 1. FC Schweinfurt 05 0:1
23. Round 11/03/2001 Bayern München II - SV Wehen-Taunusstein 0:1
24. Round 17/03/2001 FC Carl Zeiss Jena - Bayern München II 1:1
25. Round 01/04/2001 Bayern München II - Sportfreunde Siegen 4:2 GoalGoalGoal
26. Round 08/04/2001 TSV 1860 München II - Bayern München II 0:3 Goal
27. Round 12/04/2001 Bayern München II - Karlsruher SC 1:1
22. Round 17/04/2001 VfR Aalen - Bayern München II 1:1
29. Round 29/04/2001 Bayern München II - SV Darmstadt 98 0:1
30. Round 04/05/2001 Wacker Burghausen - Bayern München II 3:3
31. Round 13/05/2001 Bayern München II - Jahn Regensburg 0:2
32. Round 18/05/2001 Eintracht Trier - Bayern München II 1:3 Goal
33. Round 23/05/2001 Bayern München II - Rot-Weiß Erfurt 4:2
34. Round 26/05/2001 SC Pfullendorf - Bayern München II 0:1 Goal