| 8. Round | 20/09/2016 | MSV Duisburg | - | Holstein Kiel | 0:0 | ||||
| 9. Round | 24/09/2016 | Holstein Kiel | - | 1. FSV Mainz 05 II | 3:0 | ||||
| 10. Round | 01/10/2016 | 1. FC Magdeburg | - | Holstein Kiel | 1:0 | ||||
| 11. Round | 15/10/2016 | Holstein Kiel | - | Werder Bremen II | 3:1 | ||||
| 12. Round | 22/10/2016 | SV Wehen Wiesbaden | - | Holstein Kiel | 0:0 | ||||
| 13. Round | 29/10/2016 | Preußen Münster | - | Holstein Kiel | 1:1 |  |
|||
| 14. Round | 05/11/2016 | Holstein Kiel | - | Rot-Weiß Erfurt | 0:0 | ||||
| 15. Round | 19/11/2016 | Chemnitzer FC | - | Holstein Kiel | 2:2 | ||||
| 18. Round | 10/12/2016 | Holstein Kiel | - | SG Sonnenhof Großaspach | 1:2 | |
|||
| 19. Round | 17/12/2016 | Hallescher FC | - | Holstein Kiel | 0:0 | ||||
| 23. Round | 18/02/2017 | Holstein Kiel | - | Fortuna Köln | 5:1 | ||||
| 27. Round | 14/03/2017 | Holstein Kiel | - | MSV Duisburg | 2:0 | ||||
| 28. Round | 18/03/2017 | 1. FSV Mainz 05 II | - | Holstein Kiel | 0:3 | ||||
| 29. Round | 25/03/2017 | Holstein Kiel | - | 1. FC Magdeburg | 1:1 | ||||
| 30. Round | 01/04/2017 | Werder Bremen II | - | Holstein Kiel | 0:2 | ||||
| 31. Round | 05/04/2017 | Holstein Kiel | - | SV Wehen Wiesbaden | 3:0 |
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