| 4. Round | 13/09/2008 | Bayer Leverkusen II | - | Borussia Dortmund II | 2:1 |  |
|||
| 8. Round | 18/10/2008 | Borussia Dortmund II | - | Sportfreunde Lotte | 0:2 | ||||
| 13. Round | 15/11/2008 | Eintracht Trier | - | Borussia Dortmund II | 2:1 | ||||
| 14. Round | 26/11/2008 | Borussia Dortmund II | - | BV Cloppenburg | 3:0 | ||||
| 17. Round | 13/12/2008 | Rot-Weiss Essen | - | Borussia Dortmund II | 3:4 |  |
|||
| 19. Round | 21/02/2009 | Borussia Dortmund II | - | 1. FC Kleve | 5:2 | ||||
| 29. Round | 09/05/2009 | 1. FC Köln II | - | Borussia Dortmund II | 2:4 | ||||
| 30. Round | 13/05/2009 | Borussia Dortmund II | - | Eintracht Trier | 4:0 | ||||
| 31. Round | 16/05/2009 | BV Cloppenburg | - | Borussia Dortmund II | 5:2 | |
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