| 4. Round | 10/08/2016 | Eintracht Norderstedt | - | ETSV Weiche Flensburg | 1:2 | ||||
| 18. Round | 27/11/2016 | ETSV Weiche Flensburg | - | VfL Wolfsburg II | 0:0 | ||||
| 19. Round | 04/12/2016 | ETSV Weiche Flensburg | - | SV Meppen | 3:1 | ||||
| 22. Round | 19/02/2017 | VfB Oldenburg | - | ETSV Weiche Flensburg | 1:2 | ||||
| 20. Round | 29/03/2017 | Lüneburger SK Hansa | - | ETSV Weiche Flensburg | 0:1 | ||||
| 29. Round | 08/04/2017 | Schwarz-Weiß Rehden | - | ETSV Weiche Flensburg | 0:2 | ||||
| 21. Round | 13/04/2017 | ETSV Weiche Flensburg | - | Eintracht Norderstedt | 1:1 | ||||
| 34. Round | 20/05/2017 | ETSV Weiche Flensburg | - | SV Drochtersen/Assel | 1:0 |
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