| 1. Round | 21/07/2012 | SV Wehen Wiesbaden | - | Rot-Weiß Erfurt | 3:1 | ||||
| 2. Round | 28/07/2012 | Rot-Weiß Erfurt | - | 1. FC Heidenheim 1846 | 0:4 |  |
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| 3. Round | 04/08/2012 | Hallescher FC | - | Rot-Weiß Erfurt | 3:0 | |
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| 4. Round | 07/08/2012 | Rot-Weiß Erfurt | - | VfB Stuttgart II | 1:1 | ||||
| 5. Round | 11/08/2012 | VfL Osnabrück | - | Rot-Weiß Erfurt | 1:0 | ||||
| 6. Round | 25/08/2012 | Rot-Weiß Erfurt | - | Arminia Bielefeld | 0:2 | ||||
| 9. Round | 15/09/2012 | 1. FC Saarbrücken | - | Rot-Weiß Erfurt | 0:2 | ||||
| 10. Round | 22/09/2012 | Rot-Weiß Erfurt | - | Kickers Offenbach | 1:1 |  |
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| 13. Round | 06/10/2012 | Rot-Weiß Erfurt | - | Stuttgarter Kickers | 0:3 | ||||
| 14. Round | 20/10/2012 | SpVgg Unterhaching | - | Rot-Weiß Erfurt | 2:2 | ||||
| 16. Round | 03/11/2012 | Preußen Münster | - | Rot-Weiß Erfurt | 3:2 | ||||
| 17. Round | 10/11/2012 | Rot-Weiß Erfurt | - | Chemnitzer FC | 3:2 |
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