| 1. Round | 29/07/2016 | SV Meppen | - | Eintracht Braunschweig II | 3:1 | ||||
| 2. Round | 07/08/2016 | Lüneburger SK Hansa | - | Eintracht Braunschweig II | 3:2 |  |
|||
| 3. Round | 13/08/2016 | Eintracht Braunschweig II | - | Eintracht Norderstedt | 1:2 | ||||
| 4. Round | 20/08/2016 | VfB Oldenburg | - | Eintracht Braunschweig II | 4:0 | ||||
| 5. Round | 27/08/2016 | Eintracht Braunschweig II | - | Hamburger SV II | 1:5 | ||||
| 8. Round | 17/09/2016 | U.S.I. Lupo-Martini | - | Eintracht Braunschweig II | 0:2 | ||||
| 10. Round | 01/10/2016 | Eintracht Braunschweig II | - | ETSV Weiche Flensburg | 0:3 | ||||
| 13. Round | 23/10/2016 | Germania Egestorf/Langreder | - | Eintracht Braunschweig II | 2:3 | ||||
| 14. Round | 31/10/2016 | Eintracht Braunschweig II | - | FC St. Pauli II | 2:2 | ||||
| 15. Round | 06/11/2016 | VfB Lübeck | - | Eintracht Braunschweig II | 1:0 | ||||
| 17. Round | 18/11/2016 | VfL Wolfsburg II | - | Eintracht Braunschweig II | 2:1 |
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