| 1. Round | 12/08/2006 | Bayer Leverkusen | - | Alemannia Aachen | 3:0 |  |
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| 2. Round | 19/08/2006 | Werder Bremen | - | Bayer Leverkusen | 2:1 | ||||
| 3. Round | 26/08/2006 | Bayer Leverkusen | - | VfL Wolfsburg | 1:1 |  |
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| 5. Round | 23/09/2006 | Hannover 96 | - | Bayer Leverkusen | 1:1 | ||||
| 6. Round | 01/10/2006 | Bayer Leverkusen | - | FC Schalke 04 | 3:1 | |
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| 7. Round | 14/10/2006 | VfB Stuttgart | - | Bayer Leverkusen | 3:0 | |
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| 12. Round | 11/11/2006 | Bayer Leverkusen | - | Bayern München | 2:3 | ||||
| 13. Round | 18/11/2006 | 1. FC Nürnberg | - | Bayer Leverkusen | 3:2 |  |
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| 21. Round | 10/02/2007 | Bayer Leverkusen | - | Eintracht Frankfurt | 2:2 | |
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| 22. Round | 17/02/2007 | Bayer Leverkusen | - | Hannover 96 | 0:1 | ||||
| 23. Round | 25/02/2007 | FC Schalke 04 | - | Bayer Leverkusen | 0:1 | |
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| 24. Round | 03/03/2007 | Bayer Leverkusen | - | VfB Stuttgart | 3:1 | ||||
| 32. Round | 06/05/2007 | Bayer Leverkusen | - | Arminia Bielefeld | 1:2 |
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