| 1. Round | 25/07/2009 | Werder Bremen II | - | Rot-Weiß Erfurt | 0:0 | ||||
| 12. Round | 03/10/2009 | Rot-Weiß Erfurt | - | Bayern München II | 2:0 | ||||
| 13. Round | 18/10/2009 | Erzgebirge Aue | - | Rot-Weiß Erfurt | 2:0 | ||||
| 14. Round | 24/10/2009 | Rot-Weiß Erfurt | - | Jahn Regensburg | 0:0 | ||||
| 25. Round | 20/02/2010 | Dynamo Dresden | - | Rot-Weiß Erfurt | 1:0 | ||||
| 26. Round | 27/02/2010 | Rot-Weiß Erfurt | - | 1. FC Heidenheim 1846 | 1:2 | ||||
| 22. Round | 09/03/2010 | Rot-Weiß Erfurt | - | FC Ingolstadt 04 | 2:1 | ||||
| 28. Round | 16/03/2010 | Rot-Weiß Erfurt | - | VfB Stuttgart II | 0:1 | ||||
| 29. Round | 21/03/2010 | SV Wehen Wiesbaden | - | Rot-Weiß Erfurt | 2:0 | ||||
| 24. Round | 24/03/2010 | Rot-Weiß Erfurt | - | FC Carl Zeiss Jena | 0:3 | ||||
| 30. Round | 27/03/2010 | Rot-Weiß Erfurt | - | SV Sandhausen | 1:0 | ||||
| 31. Round | 31/03/2010 | Bayern München II | - | Rot-Weiß Erfurt | 1:0 | ||||
| 32. Round | 03/04/2010 | Rot-Weiß Erfurt | - | Erzgebirge Aue | 0:0 | ||||
| 33. Round | 10/04/2010 | Jahn Regensburg | - | Rot-Weiß Erfurt | 0:2 | ||||
| 34. Round | 14/04/2010 | VfL Osnabrück | - | Rot-Weiß Erfurt | 3:1 |
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