| 3. Round | 16/08/2003 | Preußen Münster | - | Borussia Dortmund II | 0:2 | ||||
| 5. Round | 30/08/2003 | Preußen Münster | - | Sachsen Leipzig | 3:1 | ||||
| 6. Round | 06/09/2003 | Wuppertaler SV | - | Preußen Münster | 2:1 | ||||
| 7. Round | 13/09/2003 | Preußen Münster | - | 1. FC Köln II | 0:4 |  |
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| 9. Round | 27/09/2003 | Preußen Münster | - | Werder Bremen II | 0:2 |
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