| 3. Round | 24/07/2015 | FC Ingolstadt 04 II | - | 1. FC Schweinfurt 05 | 1:1 | ||||
| 6. Round | 14/08/2015 | FC Ingolstadt 04 II | - | FV Illertissen | 0:0 | ||||
| 7. Round | 21/08/2015 | SpVgg Bayreuth | - | FC Ingolstadt 04 II | 2:2 | ||||
| 8. Round | 28/08/2015 | FC Ingolstadt 04 II | - | TSV 1860 München II | 1:1 | ||||
| 10. Round | 11/09/2015 | FC Ingolstadt 04 II | - | TSV 1896 Rain | 4:2 | ||||
| 11. Round | 18/09/2015 | Wacker Burghausen | - | FC Ingolstadt 04 II | 0:0 | ||||
| 12. Round | 26/09/2015 | FC Ingolstadt 04 II | - | SV Schalding-Heining | 2:0 |  |
|||
| 13. Round | 02/10/2015 | Bayern München II | - | FC Ingolstadt 04 II | 0:0 | ||||
| 15. Round | 17/10/2015 | SpVgg Greuther Fürth II | - | FC Ingolstadt 04 II | 2:3 | ||||
| 16. Round | 25/10/2015 | FC Ingolstadt 04 II | - | 1. FC Nürnberg II | 0:1 | ||||
| 17. Round | 31/10/2015 | Viktoria Aschaffenburg | - | FC Ingolstadt 04 II | 0:3 | ||||
| 18. Round | 06/11/2015 | FC Ingolstadt 04 II | - | SpVgg Unterhaching | 1:2 | ||||
| 19. Round | 15/11/2015 | Jahn Regensburg | - | FC Ingolstadt 04 II | 0:2 | ||||
| 21. Round | 20/02/2016 | FC Augsburg II | - | FC Ingolstadt 04 II | 4:1 |
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