| 3. Round | 30/07/2016 | VfR Garching | - | FC Ingolstadt 04 II | 3:1 | ||||
| 4. Round | 02/08/2016 | FC Ingolstadt 04 II | - | FC Memmingen | 1:5 | ||||
| 17. Round | 29/10/2016 | FC Ingolstadt 04 II | - | SpVgg Bayreuth | 1:0 | ||||
| 21. Round | 27/11/2016 | FC Ingolstadt 04 II | - | SpVgg Greuther Fürth II | 2:0 | ||||
| 22. Round | 03/03/2017 | Bayern München II | - | FC Ingolstadt 04 II | 0:1 | ||||
| 25. Round | 25/03/2017 | SV Schalding-Heining | - | FC Ingolstadt 04 II | 2:0 | ||||
| 33. Round | 13/05/2017 | FC Ingolstadt 04 II | - | SpVgg Bayern Hof | 7:2 |
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