| 16. Round | 25/10/2015 | FC Ingolstadt 04 II | - | 1. FC Nürnberg II | 0:1 | ||||
| 18. Round | 06/11/2015 | FC Ingolstadt 04 II | - | SpVgg Unterhaching | 1:2 | ||||
| 26. Round | 24/03/2016 | FC Ingolstadt 04 II | - | TSV Buchbach | 2:0 | ||||
| 27. Round | 02/04/2016 | TSV 1896 Rain | - | FC Ingolstadt 04 II | 1:1 | ||||
| 29. Round | 15/04/2016 | SV Schalding-Heining | - | FC Ingolstadt 04 II | 1:2 | ||||
| 30. Round | 22/04/2016 | FC Ingolstadt 04 II | - | Bayern München II | 0:4 | ||||
| 31. Round | 29/04/2016 | FC Memmingen | - | FC Ingolstadt 04 II | 4:2 | ||||
| 32. Round | 06/05/2016 | FC Ingolstadt 04 II | - | SpVgg Greuther Fürth II | 3:3 |  |
|||
| 33. Round | 16/05/2016 | 1. FC Nürnberg II | - | FC Ingolstadt 04 II | 2:1 | ||||
| 34. Round | 21/05/2016 | FC Ingolstadt 04 II | - | Viktoria Aschaffenburg | 5:3 | |
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