| 1. Round | 05/08/2012 | VfB Lübeck | - | VfR Neumünster | annull. | ||||
| 2. Round | 12/08/2012 | VfR Neumünster | - | VfL Wolfsburg II | 1:0 | ||||
| 3. Round | 18/08/2012 | Goslarer SC | - | VfR Neumünster | 1:2 | ||||
| 4. Round | 26/08/2012 | VfR Neumünster | - | Holstein Kiel | 1:4 |  |
|||
| 6. Round | 09/09/2012 | VfR Neumünster | - | FC Oberneuland | annull. | ||||
| 7. Round | 16/09/2012 | Hamburger SV II | - | VfR Neumünster | 2:0 | ||||
| 8. Round | 23/09/2012 | VfR Neumünster | - | Victoria Hamburg | 2:0 | |
 |
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| 9. Round | 29/09/2012 | ETSV Weiche Flensburg | - | VfR Neumünster | 1:0 | ||||
| 10. Round | 07/10/2012 | VfR Neumünster | - | Hannover 96 II | 3:2 | ||||
| 11. Round | 14/10/2012 | TSV Havelse | - | VfR Neumünster | 4:1 | ||||
| 17. Round | 25/11/2012 | VfR Neumünster | - | FC St. Pauli II | 2:1 | |
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| 18. Round | 02/12/2012 | VfR Neumünster | - | VfB Lübeck | annull. | ||||
| 19. Round | 08/12/2012 | VfL Wolfsburg II | - | VfR Neumünster | 3:0 | ||||
| 21. Round | 01/04/2013 | Holstein Kiel | - | VfR Neumünster | 4:0 | ||||
| 32. Round | 05/05/2013 | SV Wilhelmshaven | - | VfR Neumünster | 0:3 | ||||
| 33. Round | 12/05/2013 | VfR Neumünster | - | Schwarz-Weiß Rehden | 2:0 | |
|||
| 34. Round | 25/05/2013 | FC St. Pauli II | - | VfR Neumünster | 4:1 |
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