| 9. Round | 15/10/2006 | VfL Osnabrück II | - | VfL Wolfsburg II | 1:3 | ||||
| 10. Round | 22/10/2006 | VfL Wolfsburg II | - | ASV Bergedorf | 1:2 | ||||
| 11. Round | 29/10/2006 | VfL 93 Hamburg | - | VfL Wolfsburg II | 0:3 | ||||
| 20. Round | 18/02/2007 | VSK Osterholz-Scharmbeck | - | VfL Wolfsburg II | 1:4 | ||||
| 21. Round | 25/02/2007 | VfL Wolfsburg II | - | SV Henstedt-Rhen | 3:1 | ||||
| 22. Round | 04/03/2007 | FC St. Pauli II | - | VfL Wolfsburg II | 0:0 | ||||
| 23. Round | 11/03/2007 | VfL Wolfsburg II | - | Holstein Kiel II | 4:1 | ||||
| 24. Round | 17/03/2007 | Eintracht Nordhorn | - | VfL Wolfsburg II | 0:5 | ||||
| 25. Round | 25/03/2007 | VfL Wolfsburg II | - | VfL Osnabrück II | 4:0 | ||||
| 26. Round | 01/04/2007 | ASV Bergedorf | - | VfL Wolfsburg II | 1:4 | ||||
| 19. Round | 07/04/2007 | VfL Wolfsburg II | - | VfR Neumünster | 4:2 | ||||
| 27. Round | 09/04/2007 | VfL Wolfsburg II | - | Arminia Hannover | 2:2 | ||||
| 28. Round | 15/04/2007 | VfL Wolfsburg II | - | VfL 93 Hamburg | 3:0 |  |
|||
| 29. Round | 22/04/2007 | Hannover 96 II | - | VfL Wolfsburg II | 0:3 | |
|||
| 31. Round | 06/05/2007 | Altona 93 | - | VfL Wolfsburg II | 0:1 |
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