| 23. Round | 30/01/2016 | Preußen Münster | - | Rot-Weiß Erfurt | 2:0 | ||||
| 24. Round | 06/02/2016 | Rot-Weiß Erfurt | - | SG Sonnenhof Großaspach | 0:2 | ||||
| 25. Round | 12/02/2016 | VfB Stuttgart II | - | Rot-Weiß Erfurt | 1:2 |  |
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| 26. Round | 21/02/2016 | Rot-Weiß Erfurt | - | Würzburger Kickers | 1:0 | ||||
| 27. Round | 28/02/2016 | Erzgebirge Aue | - | Rot-Weiß Erfurt | 2:2 | |
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| 28. Round | 02/03/2016 | 1. FSV Mainz 05 II | - | Rot-Weiß Erfurt | 1:0 | |
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| 29. Round | 05/03/2016 | Rot-Weiß Erfurt | - | Hallescher FC | 1:1 | ||||
| 30. Round | 12/03/2016 | Werder Bremen II | - | Rot-Weiß Erfurt | 0:1 | ||||
| 31. Round | 20/03/2016 | Rot-Weiß Erfurt | - | Chemnitzer FC | 0:2 | ||||
| 32. Round | 02/04/2016 | Fortuna Köln | - | Rot-Weiß Erfurt | 1:3 | ||||
| 33. Round | 09/04/2016 | Rot-Weiß Erfurt | - | VfL Osnabrück | 4:2 | ||||
| 34. Round | 16/04/2016 | Stuttgarter Kickers | - | Rot-Weiß Erfurt | 0:1 | ||||
| 35. Round | 23/04/2016 | Rot-Weiß Erfurt | - | VfR Aalen | 2:0 | ||||
| 37. Round | 07/05/2016 | Rot-Weiß Erfurt | - | Energie Cottbus | 0:1 | ||||
| 38. Round | 14/05/2016 | Holstein Kiel | - | Rot-Weiß Erfurt | 0:3 |  |
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