| 2. Round | 25/08/2015 | SpVgg Bayreuth | - | Bayern München II | 1:2 | ||||
| 15. Round | 16/10/2015 | Bayern München II | - | 1. FC Schweinfurt 05 | 0:0 | ||||
| 18. Round | 06/11/2015 | Bayern München II | - | FV Illertissen | 0:0 | ||||
| 20. Round | 22/11/2015 | TSV 1860 München II | - | Bayern München II | 2:0 |  |
|||
| 8. Round | 02/12/2015 | Bayern München II | - | SpVgg Unterhaching | 1:1 | ||||
| 19. Round | 21/02/2016 | Bayern München II | - | SpVgg Bayreuth | 0:1 | ||||
| 22. Round | 26/02/2016 | Bayern München II | - | TSV 1896 Rain | 3:1 | ||||
| 23. Round | 05/03/2016 | Wacker Burghausen | - | Bayern München II | 1:0 | ||||
| 24. Round | 11/03/2016 | Bayern München II | - | SV Schalding-Heining | 2:0 | ||||
| 25. Round | 18/03/2016 | SpVgg Unterhaching | - | Bayern München II | 4:1 | ||||
| 27. Round | 01/04/2016 | Bayern München II | - | SpVgg Greuther Fürth II | 0:2 |
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