| 1. Round | 25/08/2012 | Eintracht Frankfurt | - | Bayer Leverkusen | 2:1 |  |
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| 2. Round | 01/09/2012 | Bayer Leverkusen | - | SC Freiburg | 2:0 | ||||
| 3. Round | 15/09/2012 | Borussia Dortmund | - | Bayer Leverkusen | 3:0 | ||||
| 5. Round | 26/09/2012 | FC Augsburg | - | Bayer Leverkusen | 1:3 | |
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| 21. Round | 09/02/2013 | Bor. Mönchengladbach | - | Bayer Leverkusen | 3:3 | ||||
| 22. Round | 16/02/2013 | Bayer Leverkusen | - | FC Augsburg | 2:1 | ||||
| 24. Round | 02/03/2013 | Bayer Leverkusen | - | VfB Stuttgart | 2:1 | ||||
| 25. Round | 09/03/2013 | 1. FSV Mainz 05 | - | Bayer Leverkusen | 1:0 | ||||
| 26. Round | 16/03/2013 | Bayer Leverkusen | - | Bayern München | 1:2 | |
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| 27. Round | 30/03/2013 | Fortuna Düsseldorf | - | Bayer Leverkusen | 1:4 | ||||
| 28. Round | 06/04/2013 | Bayer Leverkusen | - | VfL Wolfsburg | 1:1 | ||||
| 29. Round | 13/04/2013 | FC Schalke 04 | - | Bayer Leverkusen | 2:2 | ||||
| 30. Round | 20/04/2013 | Bayer Leverkusen | - | 1899 Hoffenheim | 5:0 | ||||
| 32. Round | 04/05/2013 | 1. FC Nürnberg | - | Bayer Leverkusen | 0:2 | ||||
| 33. Round | 11/05/2013 | Bayer Leverkusen | - | Hannover 96 | 3:1 | ||||
| 34. Round | 18/05/2013 | Hamburger SV | - | Bayer Leverkusen | 0:1 |
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