| 1. Round | 20/09/2020 | 1. FC Magdeburg | - | Hallescher FC | 0:2 | ||||
| 2. Round | 26/09/2020 | TSV 1860 München | - | 1. FC Magdeburg | 1:1 | ||||
| 3. Round | 03/10/2020 | 1. FC Magdeburg | - | Viktoria Köln | 0:2 |  |
|||
| 5. Round | 16/10/2020 | 1. FC Magdeburg | - | Türkgücü München | 2:0 | ||||
| 6. Round | 20/10/2020 | SC Verl | - | 1. FC Magdeburg | 3:1 | ||||
| 8. Round | 31/10/2020 | Waldhof Mannheim | - | 1. FC Magdeburg | 5:2 | ||||
| 9. Round | 07/11/2020 | 1. FC Magdeburg | - | Bayern München II | 2:1 | ||||
| 10. Round | 14/11/2020 | 1. FC Kaiserslautern | - | 1. FC Magdeburg | 1:1 | ||||
| 14. Round | 04/12/2020 | 1. FC Magdeburg | - | SV Meppen | 0:0 | ||||
| 15. Round | 12/12/2020 | VfB Lübeck | - | 1. FC Magdeburg | 1:1 | ||||
| 19. Round | 16/01/2021 | SpVgg Unterhaching | - | 1. FC Magdeburg | 0:2 | ||||
| 17. Round | 20/01/2021 | MSV Duisburg | - | 1. FC Magdeburg | 1:2 | ||||
| 20. Round | 23/01/2021 | Hallescher FC | - | 1. FC Magdeburg | 1:0 | |
|||
| 21. Round | 27/01/2021 | 1. FC Magdeburg | - | TSV 1860 München | 0:3 | ||||
| 27. Round | 06/03/2021 | 1. FC Magdeburg | - | Waldhof Mannheim | 1:1 | ||||
| 28. Round | 13/03/2021 | Bayern München II | - | 1. FC Magdeburg | 0:2 | ||||
| 29. Round | 20/03/2021 | 1. FC Magdeburg | - | 1. FC Kaiserslautern | 1:0 |
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