| 1. Round | 30/07/2016 | Sportfreunde Siegen | - | Alemannia Aachen | 0:1 | ||||
| 6. Round | 26/08/2016 | Alemannia Aachen | - | Bonner SC | 3:2 | ||||
| 7. Round | 05/09/2016 | Wuppertaler SV | - | Alemannia Aachen | 2:2 |  |
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| 8. Round | 10/09/2016 | Alemannia Aachen | - | Viktoria Köln | 0:1 |  |
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| 9. Round | 17/09/2016 | Fortuna Düsseldorf II | - | Alemannia Aachen | 1:1 | |
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| 10. Round | 25/09/2016 | Alemannia Aachen | - | Rot-Weiss Essen | 1:0 | ||||
| 11. Round | 01/10/2016 | SV Rödinghausen | - | Alemannia Aachen | 0:1 | ||||
| 12. Round | 08/10/2016 | Alemannia Aachen | - | Rot Weiss Ahlen | 3:1 | |
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| 13. Round | 14/10/2016 | SC Verl | - | Alemannia Aachen | 1:1 | ||||
| 14. Round | 22/10/2016 | Alemannia Aachen | - | Bor. Mönchengladbach II | 2:4 | |
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| 15. Round | 29/10/2016 | Alemannia Aachen | - | Borussia Dortmund II | 0:1 | ||||
| 16. Round | 06/11/2016 | FC Schalke 04 II | - | Alemannia Aachen | 2:1 | ||||
| 30. Round | 21/04/2017 | Alemannia Aachen | - | SC Verl | 1:1 |  |
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| 32. Round | 07/05/2017 | Borussia Dortmund II | - | Alemannia Aachen | 0:0 | ||||
| 33. Round | 13/05/2017 | Alemannia Aachen | - | FC Schalke 04 II | 3:2 | ||||
| 34. Round | 20/05/2017 | 1. FC Köln II | - | Alemannia Aachen | 1:2 |
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