| 22. Round | 21/01/2012 | Rot-Weiß Oberhausen | - | Preußen Münster | 2:2 | ||||
| 24. Round | 03/02/2012 | SV Babelsberg 03 | - | Preußen Münster | 0:2 | ||||
| 25. Round | 10/02/2012 | Preußen Münster | - | Werder Bremen II | 0:0 | ||||
| 28. Round | 03/03/2012 | VfR Aalen | - | Preußen Münster | 1:0 |  |
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| 29. Round | 10/03/2012 | Preußen Münster | - | SV Darmstadt 98 | 1:2 | ||||
| 26. Round | 13/03/2012 | VfB Stuttgart II | - | Preußen Münster | 1:1 | ||||
| 30. Round | 17/03/2012 | Arminia Bielefeld | - | Preußen Münster | 2:2 |  |
|
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| 31. Round | 24/03/2012 | Preußen Münster | - | SV Wehen Wiesbaden | 1:1 | ||||
| 27. Round | 03/04/2012 | Preußen Münster | - | VfL Osnabrück | 1:0 | ||||
| 34. Round | 11/04/2012 | Wacker Burghausen | - | Preußen Münster | 1:0 | ||||
| 37. Round | 28/04/2012 | 1. FC Heidenheim 1846 | - | Preußen Münster | 4:1 | ||||
| 38. Round | 05/05/2012 | Preußen Münster | - | Kickers Offenbach | 1:0 |
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