| 14. Round | 03/10/2006 | Würzburger FV | - | SC Fürstenfeldbruck | 1:0 | ||||
| 15. Round | 14/10/2006 | Jahn Regensburg | - | Würzburger FV | 3:0 | ||||
| 16. Round | 21/10/2006 | Würzburger FV | - | Wacker Burghausen II | 3:2 | ||||
| 17. Round | 28/10/2006 | SpVgg Bayern Hof | - | Würzburger FV | 2:0 | ||||
| 18. Round | 04/11/2006 | Würzburger FV | - | SpVgg Unterhaching II | 0:0 | ||||
| 19. Round | 11/11/2006 | SpVgg Greuther Fürth II | - | Würzburger FV | 2:0 | ||||
| 20. Round | 18/11/2006 | SpVgg Weiden | - | Würzburger FV | 2:0 |  |
|||
| 21. Round | 25/11/2006 | Würzburger FV | - | 1. FC Bad Kötzting | 1:2 |  |
|||
| 22. Round | 02/12/2006 | TSV Großbardorf | - | Würzburger FV | 2:2 | ||||
| 23. Round | 09/12/2006 | Würzburger FV | - | 1. FC Eintracht Bamberg | 1:4 |
Germany