| 27. Round | 12/03/2000 | 1. FC Kaiserslautern II | - | Preußen Münster | 0:1 | ||||
| 29. Round | 26/03/2000 | LR Ahlen | - | Preußen Münster | 3:0 | ||||
| 30. Round | 02/04/2000 | Preußen Münster | - | Eintracht Trier | 0:1 | ||||
| 32. Round | 14/04/2000 | Preußen Münster | - | SV 07 Elversberg | 2:1 | ||||
| 31. Round | 19/04/2000 | SC Paderborn 07 | - | Preußen Münster | 3:1 |
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