| 27. Round | 15/03/2014 | TSV 1896 Rain | - | FC Ingolstadt 04 II | 1:4 | ||||
| 28. Round | 22/03/2014 | FC Ingolstadt 04 II | - | SV Seligenporten | 1:2 | ||||
| 29. Round | 29/03/2014 | FV Illertissen | - | FC Ingolstadt 04 II | 4:0 | ||||
| 30. Round | 05/04/2014 | FC Ingolstadt 04 II | - | FC Memmingen | 4:1 | ||||
| 31. Round | 12/04/2014 | FC Augsburg II | - | FC Ingolstadt 04 II | 1:1 |  |
|||
| 34. Round | 16/04/2014 | FC Ingolstadt 04 II | - | Würzburger Kickers | 0:0 | ||||
| 32. Round | 19/04/2014 | FC Ingolstadt 04 II | - | TSV 1860 Rosenheim | 0:1 | ||||
| 33. Round | 26/04/2014 | SV Heimstetten | - | FC Ingolstadt 04 II | 1:0 | ||||
| 35. Round | 03/05/2014 | TSV 1860 München II | - | FC Ingolstadt 04 II | 3:2 | |
|||
| 36. Round | 10/05/2014 | FC Ingolstadt 04 II | - | SV Schalding-Heining | 3:1 | ||||
| 37. Round | 16/05/2014 | 1. FC Nürnberg II | - | FC Ingolstadt 04 II | 1:1 | ||||
| 38. Round | 21/05/2014 | SpVgg Greuther Fürth II | - | FC Ingolstadt 04 II | 1:2 |
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