| 5. Round | 11/08/2023 | FC Ingolstadt 04 II | - | Jahn Regensburg II | 1:3 | ||||
| 6. Round | 15/08/2023 | FC Ingolstadt 04 II | - | Würzburger FV | 3:2 | ||||
| 7. Round | 19/08/2023 | SpVgg Hankofen-Hailing | - | FC Ingolstadt 04 II | 2:4 | ||||
| 9. Round | 01/09/2023 | SC Eltersdorf | - | FC Ingolstadt 04 II | 2:1 | ||||
| 11. Round | 08/09/2023 | FC Ingolstadt 04 II | - | 1. SC Feucht | 4:2 |  |
|||
| 13. Round | 23/09/2023 | SpVgg Bayern Hof | - | FC Ingolstadt 04 II | 2:2 | ||||
| 16. Round | 07/10/2023 | TSV Abtswind | - | FC Ingolstadt 04 II | 1:1 | ||||
| 25. Round | 24/02/2024 | FC Ingolstadt 04 II | - | SpVgg Hankofen-Hailing | 3:1 | ||||
| 26. Round | 02/03/2024 | Würzburger FV | - | FC Ingolstadt 04 II | 0:1 | ||||
| 32. Round | 13/04/2024 | FC Ingolstadt 04 II | - | SpVgg Bayern Hof | 3:3 |
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