| 23. Round | 11/03/2012 | 1. FC Magdeburg | - | RB Leipzig | 0:3 | ||||
| 19. Round | 14/03/2012 | 1. FC Magdeburg | - | VFC Plauen | 0:0 |  |
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| 25. Round | 25/03/2012 | 1. FC Magdeburg | - | Berliner AK 07 | 1:2 | ||||
| 27. Round | 05/04/2012 | 1. FC Magdeburg | - | VfL Wolfsburg II | 0:1 | ||||
| 28. Round | 11/04/2012 | Hallescher FC | - | 1. FC Magdeburg | 3:0 | ||||
| 29. Round | 15/04/2012 | 1. FC Magdeburg | - | SV Meppen | 0:0 | ||||
| 31. Round | 29/04/2012 | 1. FC Magdeburg | - | SV Wilhelmshaven | 2:0 |  |
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| 34. Round | 19/05/2012 | Hannover 96 II | - | 1. FC Magdeburg | 1:1 |
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