| 14. Round | 05/11/2016 | 1. FSV Mainz 05 II | - | SG Sonnenhof Großaspach | 0:2 | ||||
| 17. Round | 03/12/2016 | VfR Aalen | - | 1. FSV Mainz 05 II | 0:0 | ||||
| 19. Round | 17/12/2016 | Fortuna Köln | - | 1. FSV Mainz 05 II | 1:0 | ||||
| 26. Round | 11/03/2017 | 1. FSV Mainz 05 II | - | Werder Bremen II | 0:1 | ||||
| 27. Round | 15/03/2017 | SV Wehen Wiesbaden | - | 1. FSV Mainz 05 II | 0:2 |  |
|||
| 28. Round | 18/03/2017 | 1. FSV Mainz 05 II | - | Holstein Kiel | 0:3 | |
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