| 1. Round | 17/07/2015 | SpVgg Unterhaching | - | FC Ingolstadt 04 II | 2:2 | ||||
| 2. Round | 21/07/2015 | FC Ingolstadt 04 II | - | Jahn Regensburg | 1:3 | ||||
| 3. Round | 24/07/2015 | FC Ingolstadt 04 II | - | 1. FC Schweinfurt 05 | 1:1 | ||||
| 4. Round | 01/08/2015 | FC Ingolstadt 04 II | - | FC Augsburg II | 4:0 | ||||
| 5. Round | 07/08/2015 | FC Amberg | - | FC Ingolstadt 04 II | 1:1 | ||||
| 6. Round | 14/08/2015 | FC Ingolstadt 04 II | - | FV Illertissen | 0:0 | ||||
| 7. Round | 21/08/2015 | SpVgg Bayreuth | - | FC Ingolstadt 04 II | 2:2 | ||||
| 8. Round | 28/08/2015 | FC Ingolstadt 04 II | - | TSV 1860 München II | 1:1 |  |
|||
| 9. Round | 06/09/2015 | TSV Buchbach | - | FC Ingolstadt 04 II | 3:2 | ||||
| 10. Round | 11/09/2015 | FC Ingolstadt 04 II | - | TSV 1896 Rain | 4:2 | ||||
| 19. Round | 15/11/2015 | Jahn Regensburg | - | FC Ingolstadt 04 II | 0:2 | ||||
| 20. Round | 21/11/2015 | 1. FC Schweinfurt 05 | - | FC Ingolstadt 04 II | 4:4 | ||||
| 22. Round | 08/03/2016 | FC Ingolstadt 04 II | - | FC Amberg | 1:0 | ||||
| 27. Round | 02/04/2016 | TSV 1896 Rain | - | FC Ingolstadt 04 II | 1:1 | ||||
| 31. Round | 29/04/2016 | FC Memmingen | - | FC Ingolstadt 04 II | 4:2 |
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