| 24. Round | 18/02/2006 | Holstein Kiel | - | Preußen Münster | 0:1 | ||||
| 25. Round | 25/02/2006 | Preußen Münster | - | VfL Osnabrück | 2:1 | ||||
| 26. Round | 04/03/2006 | SG Wattenscheid 09 | - | Preußen Münster | 0:2 | ||||
| 27. Round | 10/03/2006 | Preußen Münster | - | Rot-Weiss Essen | 1:3 |  |
|||
| 28. Round | 18/03/2006 | 1. FC Köln II | - | Preußen Münster | 0:2 | ||||
| 23. Round | 21/03/2006 | Preußen Münster | - | FC Carl Zeiss Jena | 0:1 |  |
|||
| 30. Round | 02/04/2006 | Hamburger SV II | - | Preußen Münster | 0:2 | |
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| 22. Round | 05/04/2006 | Chemnitzer FC | - | Preußen Münster | 1:1 | ||||
| 34. Round | 29/04/2006 | VfB Lübeck | - | Preußen Münster | 2:1 |  |
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| 37. Round | 20/05/2006 | Preußen Münster | - | Wuppertaler SV | 1:2 | ||||
| 38. Round | 27/05/2006 | Bayer Leverkusen II | - | Preußen Münster | 1:3 | |
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