| 5. Round | 03/09/2011 | Stuttgarter Kickers | - | Bayern Alzenau | 4:0 | ||||
| 6. Round | 07/09/2011 | Bayern Alzenau | - | 1. FC Nürnberg II | 2:1 | ||||
| 7. Round | 11/09/2011 | Bayern München II | - | Bayern Alzenau | 0:0 | ||||
| 8. Round | 16/09/2011 | Bayern Alzenau | - | Karlsruher SC II | 1:2 |  |
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| 9. Round | 23/09/2011 | Waldhof Mannheim | - | Bayern Alzenau | 4:0 | ||||
| 10. Round | 30/09/2011 | Bayern Alzenau | - | SG Sonnenhof Großaspach | 2:1 | ||||
| 11. Round | 05/10/2011 | SC Freiburg II | - | Bayern Alzenau | 2:1 | |
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| 12. Round | 08/10/2011 | Bayern Alzenau | - | FC Memmingen | 0:2 | ||||
| 13. Round | 14/10/2011 | Bayern Alzenau | - | FSV Frankfurt II | 3:4 | ||||
| 14. Round | 21/10/2011 | Eintracht Frankfurt II | - | Bayern Alzenau | 4:0 | ||||
| 15. Round | 29/10/2011 | Bayern Alzenau | - | SpVgg Greuther Fürth II | 1:1 | ||||
| 16. Round | 04/11/2011 | TSV 1860 München II | - | Bayern Alzenau | 3:1 | ||||
| 19. Round | 26/11/2011 | Hessen Kassel | - | Bayern Alzenau | 1:1 | |
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| 20. Round | 03/12/2011 | Bayern Alzenau | - | SC Pfullendorf | 3:2 |
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