| 5. Round | 30/08/2003 | VfR Neumünster | - | SC Paderborn 07 | 1:3 | ||||
| 6. Round | 07/09/2003 | FC Schalke 04 II | - | VfR Neumünster | 1:1 | ||||
| 7. Round | 13/09/2003 | VfR Neumünster | - | Borussia Dortmund II | 1:2 | ||||
| 8. Round | 21/09/2003 | Sachsen Leipzig | - | VfR Neumünster | 3:1 |  |
|||
| 9. Round | 28/09/2003 | VfR Neumünster | - | 1. FC Köln II | 2:2 | |
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| 13. Round | 25/10/2003 | Eintracht Braunschweig | - | VfR Neumünster | 1:1 | ||||
| 15. Round | 07/11/2003 | FC St. Pauli | - | VfR Neumünster | 1:1 | ||||
| 18. Round | 30/11/2003 | Hamburger SV II | - | VfR Neumünster | 2:2 | ||||
| 30. Round | 09/05/2004 | VfR Neumünster | - | Eintracht Braunschweig | 2:2 | ||||
| 31. Round | 15/05/2004 | SG Wattenscheid 09 | - | VfR Neumünster | 3:0 | ||||
| 32. Round | 22/05/2004 | VfR Neumünster | - | FC St. Pauli | 0:1 | ||||
| 33. Round | 30/05/2004 | Dynamo Dresden | - | VfR Neumünster | 1:0 | |
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