| 5. Round | 29/08/2000 | Rot-Weiß Erfurt | - | SV Wehen-Taunusstein | 2:1 |  |
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| 6. Round | 01/09/2000 | FC Carl Zeiss Jena | - | Rot-Weiß Erfurt | 0:0 | ||||
| 7. Round | 09/09/2000 | Rot-Weiß Erfurt | - | Sportfreunde Siegen | 1:1 | ||||
| 8. Round | 17/09/2000 | TSV 1860 München II | - | Rot-Weiß Erfurt | 4:2 | ||||
| 9. Round | 23/09/2000 | Rot-Weiß Erfurt | - | Karlsruher SC | 0:0 | ||||
| 10. Round | 28/09/2000 | SV 07 Elversberg | - | Rot-Weiß Erfurt | 1:1 | ||||
| 11. Round | 08/10/2000 | Rot-Weiß Erfurt | - | SV Darmstadt 98 | 1:0 |  |
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| 12. Round | 14/10/2000 | Wacker Burghausen | - | Rot-Weiß Erfurt | 1:1 | ||||
| 13. Round | 21/10/2000 | Rot-Weiß Erfurt | - | Jahn Regensburg | 2:4 | |
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| 14. Round | 28/10/2000 | Eintracht Trier | - | Rot-Weiß Erfurt | 1:1 | |
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| 18. Round | 25/11/2000 | VfB Stuttgart II | - | Rot-Weiß Erfurt | 2:0 |  |
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