| 27. Round | 09/03/2013 | Würzburger Kickers | - | SpVgg Bayern Hof | 1:1 | ||||
| 28. Round | 16/03/2013 | SpVgg Bayern Hof | - | FC Augsburg II | 3:2 | ||||
| 29. Round | 23/03/2013 | FV Illertissen | - | SpVgg Bayern Hof | 0:1 | ||||
| 19. Round | 26/03/2013 | SpVgg Bayern Hof | - | VfL Frohnlach | 2:1 | ||||
| 30. Round | 30/03/2013 | SV Heimstetten | - | SpVgg Bayern Hof | 0:1 | ||||
| 31. Round | 06/04/2013 | SpVgg Bayern Hof | - | TSV 1860 München II | 1:4 | ||||
| 24. Round | 09/04/2013 | SpVgg Bayern Hof | - | Viktoria Aschaffenburg | 0:0 | ||||
| 25. Round | 17/04/2013 | TSV 1896 Rain | - | SpVgg Bayern Hof | 1:3 | ||||
| 33. Round | 20/04/2013 | SpVgg Bayern Hof | - | FC Memmingen | 1:1 | ||||
| 26. Round | 23/04/2013 | SpVgg Bayern Hof | - | SV Seligenporten | 2:1 | ||||
| 34. Round | 27/04/2013 | FC Ingolstadt 04 II | - | SpVgg Bayern Hof | 1:3 | ||||
| 35. Round | 04/05/2013 | SpVgg Bayern Hof | - | TSV 1860 Rosenheim | 1:1 | ||||
| 15. Round | 08/05/2013 | SpVgg Bayern Hof | - | FC Ingolstadt 04 II | 1:2 | ||||
| 37. Round | 18/05/2013 | SpVgg Bayern Hof | - | TSV Buchbach | 1:1 | ||||
| 38. Round | 25/05/2013 | VfL Frohnlach | - | SpVgg Bayern Hof | 3:0 |
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