| 12. Round | 20/10/2012 | 1. FC Köln II | - | Bayer Leverkusen II | 1:1 | ||||
| 15. Round | 09/11/2012 | SC Wiedenbrück | - | 1. FC Köln II | 0:4 | ||||
| 16. Round | 17/11/2012 | 1. FC Köln II | - | Viktoria Köln | 2:2 | ||||
| 17. Round | 23/11/2012 | MSV Duisburg II | - | 1. FC Köln II | 1:1 | ||||
| 18. Round | 28/11/2012 | 1. FC Köln II | - | Bor. Mönchengladbach II | 2:1 | ||||
| 19. Round | 02/12/2012 | VfL Bochum II | - | 1. FC Köln II | 1:3 | ||||
| 21. Round | 11/12/2012 | 1. FC Köln II | - | Sportfreunde Lotte | 0:1 | ||||
| 23. Round | 23/03/2013 | 1. FC Köln II | - | Rot-Weiss Essen | 1:4 | ||||
| 25. Round | 26/03/2013 | 1. FC Köln II | - | SC Verl | 1:3 |  |
|||
| 29. Round | 30/03/2013 | SV Bergisch Gladbach 09 | - | 1. FC Köln II | 3:0 |
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