| 3. Round | 10/08/2016 | Preußen Münster | - | MSV Duisburg | 1:1 | ||||
| 4. Round | 13/08/2016 | SG Sonnenhof Großaspach | - | Preußen Münster | 2:0 |  |
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| 5. Round | 27/08/2016 | Preußen Münster | - | 1. FSV Mainz 05 II | 1:0 |  |
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| 6. Round | 09/09/2016 | Hallescher FC | - | Preußen Münster | 2:1 | ||||
| 7. Round | 17/09/2016 | Preußen Münster | - | 1. FC Magdeburg | 2:3 | |
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| 8. Round | 21/09/2016 | FSV Frankfurt | - | Preußen Münster | 4:1 | ||||
| 9. Round | 24/09/2016 | Preußen Münster | - | Werder Bremen II | 4:0 | ||||
| 10. Round | 01/10/2016 | VfR Aalen | - | Preußen Münster | 1:0 | |
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| 11. Round | 15/10/2016 | Preußen Münster | - | SV Wehen Wiesbaden | 2:2 | ||||
| 12. Round | 22/10/2016 | Sportfreunde Lotte | - | Preußen Münster | 1:0 | ||||
| 14. Round | 05/11/2016 | Fortuna Köln | - | Preußen Münster | 0:1 | ||||
| 15. Round | 18/11/2016 | Preußen Münster | - | Rot-Weiß Erfurt | 4:0 | ||||
| 18. Round | 10/12/2016 | Preußen Münster | - | SC Paderborn 07 | 0:1 |
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