| 6. Round | 07/09/2003 | Borussia Dortmund II | - | Werder Bremen II | 2:1 | ||||
| 7. Round | 13/09/2003 | Werder Bremen II | - | Sachsen Leipzig | 2:1 |  |
|||
| 9. Round | 27/09/2003 | Preußen Münster | - | Werder Bremen II | 0:2 | ||||
| 10. Round | 04/10/2003 | Werder Bremen II | - | VfR Neumünster | 2:1 | ||||
| 11. Round | 11/10/2003 | KFC Uerdingen 05 | - | Werder Bremen II | 1:1 | |
|||
| 15. Round | 08/11/2003 | Dynamo Dresden | - | Werder Bremen II | 2:0 | ||||
| 16. Round | 15/11/2003 | Werder Bremen II | - | Wuppertaler SV | 0:1 | ||||
| 19. Round | 07/12/2003 | Werder Bremen II | - | Rot-Weiss Essen | 2:0 | ||||
| 21. Round | 07/03/2004 | Werder Bremen II | - | SC Paderborn 07 | 3:3 | ||||
| 23. Round | 21/03/2004 | Werder Bremen II | - | Borussia Dortmund II | 2:1 | ||||
| 24. Round | 26/03/2004 | Sachsen Leipzig | - | Werder Bremen II | 1:2 | |
|||
| 26. Round | 10/04/2004 | Werder Bremen II | - | Preußen Münster | 4:3 | ||||
| 27. Round | 17/04/2004 | VfR Neumünster | - | Werder Bremen II | 1:4 | ||||
| 33. Round | 30/05/2004 | Wuppertaler SV | - | Werder Bremen II | 1:0 |
Germany