| 24. Round | 08/03/2025 | DJK Vilzing | - | Bayern München II | 3:0 |  |
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| 25. Round | 14/03/2025 | Bayern München II | - | FC Augsburg II | 2:4 | |
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| 27. Round | 28/03/2025 | Bayern München II | - | SpVgg Hankofen-Hailing | 1:1 | ||||
| 28. Round | 04/04/2025 | TSV Buchbach | - | Bayern München II | 2:1 | ||||
| 29. Round | 11/04/2025 | Bayern München II | - | Eintracht Bamberg | 6:0 | |
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| 30. Round | 17/04/2025 | 1. FC Schweinfurt 05 | - | Bayern München II | 1:2 | ||||
| 26. Round | 23/04/2025 | TSV Aubstadt | - | Bayern München II | 2:1 | ||||
| 31. Round | 26/04/2025 | SpVgg Greuther Fürth II | - | Bayern München II | 5:1 | ||||
| 32. Round | 03/05/2025 | FV Illertissen | - | Bayern München II | 2:2 | ||||
| 33. Round | 09/05/2025 | Bayern München II | - | Türkgücü München | 5:0 |  |
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| 34. Round | 17/05/2025 | TSV Schwaben Augsburg | - | Bayern München II | 1:1 |
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