| 2. Round | 20/08/2006 | Altona 93 | - | Eintracht Nordhorn | 6:2 | ||||
| 3. Round | 27/08/2006 | Eintracht Nordhorn | - | Eintracht Braunschweig II | 5:3 | ||||
| 4. Round | 03/09/2006 | SV Meppen | - | Eintracht Nordhorn | 1:0 | ||||
| 5. Round | 10/09/2006 | Eintracht Nordhorn | - | FC Oberneuland | 4:2 | ||||
| 7. Round | 24/09/2006 | Eintracht Nordhorn | - | Arminia Hannover | 2:0 | ||||
| 8. Round | 01/10/2006 | VfL Wolfsburg II | - | Eintracht Nordhorn | 0:1 | ||||
| 9. Round | 15/10/2006 | Eintracht Nordhorn | - | VSK Osterholz-Scharmbeck | 0:0 |  |
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