| 1. Round | 05/08/2011 | FC Memmingen | - | SpVgg Greuther Fürth II | 0:1 | ||||
| 2. Round | 12/08/2011 | Bayern München II | - | FC Memmingen | 0:0 | ||||
| 3. Round | 19/08/2011 | FC Memmingen | - | TSV 1860 München II | 1:1 | ||||
| 4. Round | 23/08/2011 | Karlsruher SC II | - | FC Memmingen | 2:0 | ||||
| 5. Round | 02/09/2011 | FC Memmingen | - | 1899 Hoffenheim II | 0:2 | ||||
| 9. Round | 23/09/2011 | FC Memmingen | - | Hessen Kassel | 3:1 | ||||
| 11. Round | 05/10/2011 | FC Memmingen | - | SC Pfullendorf | 2:4 | ||||
| 12. Round | 08/10/2011 | Bayern Alzenau | - | FC Memmingen | 0:2 | ||||
| 13. Round | 15/10/2011 | FC Memmingen | - | FC Ingolstadt 04 II | 3:2 | ||||
| 14. Round | 23/10/2011 | FSV Frankfurt II | - | FC Memmingen | 2:2 | ||||
| 15. Round | 28/10/2011 | FC Memmingen | - | Stuttgarter Kickers | 0:1 | ||||
| 16. Round | 04/11/2011 | FC Memmingen | - | Eintracht Frankfurt II | 2:4 | ||||
| 17. Round | 12/11/2011 | 1. FC Nürnberg II | - | FC Memmingen | 4:0 | ||||
| 19. Round | 25/11/2011 | FC Memmingen | - | Bayern München II | 1:1 | ||||
| 20. Round | 02/12/2011 | TSV 1860 München II | - | FC Memmingen | 1:0 | ||||
| 25. Round | 24/03/2012 | FC Memmingen | - | SG Sonnenhof Großaspach | 0:0 | ||||
| 30. Round | 20/04/2012 | FC Ingolstadt 04 II | - | FC Memmingen | 0:0 |  |
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