| 1. Round | 29/07/2000 | Preußen Münster | - | Fortuna Düsseldorf | 2:1 | ||||
| 2. Round | 04/08/2000 | Werder Bremen II | - | Preußen Münster | 2:2 | ||||
| 3. Round | 11/08/2000 | Preußen Münster | - | Borussia Dortmund II | 1:0 | ||||
| 10. Round | 30/09/2000 | Lüneburger SK | - | Preußen Münster | 4:1 | ||||
| 12. Round | 15/10/2000 | SG Wattenscheid 09 | - | Preußen Münster | 0:0 |  |
|||
| 14. Round | 28/10/2000 | TeBe Berlin | - | Preußen Münster | 0:2 | ||||
| 16. Round | 10/11/2000 | Erzgebirge Aue | - | Preußen Münster | 0:0 | ||||
| 18. Round | 25/11/2000 | SV Babelsberg 03 | - | Preußen Münster | 0:4 | ||||
| 21. Round | 16/12/2000 | Preußen Münster | - | Werder Bremen II | 2:1 | ||||
| 23. Round | 09/02/2001 | Preußen Münster | - | SV Wilhelmshaven | 2:3 | ||||
| 29. Round | 01/04/2001 | Preußen Münster | - | Lüneburger SK | 1:1 | ||||
| 30. Round | 07/04/2001 | 1. FC Union Berlin | - | Preußen Münster | 3:2 | ||||
| 22. Round | 12/04/2001 | Borussia Dortmund II | - | Preußen Münster | 0:3 | ||||
| 31. Round | 16/04/2001 | Preußen Münster | - | SG Wattenscheid 09 | 2:2 |
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