| 2. Round | 23/08/2008 | Preußen Münster | - | 1. FC Kaiserslautern II | 2:0 | ||||
| 3. Round | 29/08/2008 | VfL Bochum II | - | Preußen Münster | 3:3 | ||||
| 6. Round | 27/09/2008 | Preußen Münster | - | BV Cloppenburg | 3:2 | ||||
| 7. Round | 05/10/2008 | Wormatia Worms | - | Preußen Münster | 0:3 | ||||
| 8. Round | 18/10/2008 | Preußen Münster | - | SC Verl | 0:1 | ||||
| 14. Round | 21/11/2008 | SV 07 Elversberg | - | Preußen Münster | 1:0 | ||||
| 15. Round | 28/11/2008 | Preußen Münster | - | FSV Oggersheim | 1:1 | ||||
| 16. Round | 06/12/2008 | Borussia Dortmund II | - | Preußen Münster | 3:1 | ||||
| 17. Round | 12/12/2008 | Preußen Münster | - | Sportfreunde Lotte | 0:1 | ||||
| 18. Round | 19/12/2008 | Preußen Münster | - | FC Schalke 04 II | 3:0 |  |
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