| 5. Round | 28/08/2016 | ETSV Weiche Flensburg | - | VfB Oldenburg | 3:1 | ||||
| 6. Round | 04/09/2016 | Hamburger SV II | - | ETSV Weiche Flensburg | 1:2 | ||||
| 7. Round | 11/09/2016 | ETSV Weiche Flensburg | - | SV Eichede | 5:0 | ||||
| 8. Round | 16/09/2016 | Hannover 96 II | - | ETSV Weiche Flensburg | 1:1 | ||||
| 19. Round | 04/12/2016 | ETSV Weiche Flensburg | - | SV Meppen | 3:1 | ||||
| 25. Round | 12/03/2017 | ETSV Weiche Flensburg | - | Hannover 96 II | 1:0 |  |
|||
| 26. Round | 19/03/2017 | U.S.I. Lupo-Martini | - | ETSV Weiche Flensburg | 1:2 | |
|||
| 27. Round | 26/03/2017 | ETSV Weiche Flensburg | - | Eintracht Braunschweig II | 2:2 | ||||
| 29. Round | 08/04/2017 | Schwarz-Weiß Rehden | - | ETSV Weiche Flensburg | 0:2 | ||||
| 21. Round | 13/04/2017 | ETSV Weiche Flensburg | - | Eintracht Norderstedt | 1:1 | |
|||
| 30. Round | 23/04/2017 | ETSV Weiche Flensburg | - | VfV Hildesheim | 4:2 | ||||
| 31. Round | 30/04/2017 | Germania Egestorf/Langreder | - | ETSV Weiche Flensburg | 3:1 | ||||
| 32. Round | 05/05/2017 | ETSV Weiche Flensburg | - | FC St. Pauli II | 1:0 | |
|||
| 33. Round | 13/05/2017 | VfB Lübeck | - | ETSV Weiche Flensburg | 2:0 | |
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