| 14. Round | 20/10/2012 | SpVgg Unterhaching | - | Rot-Weiß Erfurt | 2:2 | ||||
| 16. Round | 03/11/2012 | Preußen Münster | - | Rot-Weiß Erfurt | 3:2 | ||||
| 17. Round | 10/11/2012 | Rot-Weiß Erfurt | - | Chemnitzer FC | 3:2 | ||||
| 15. Round | 13/11/2012 | Rot-Weiß Erfurt | - | SV Babelsberg 03 | 1:1 | ||||
| 24. Round | 02/02/2013 | Rot-Weiß Erfurt | - | VfL Osnabrück | 2:1 | ||||
| 25. Round | 09/02/2013 | Arminia Bielefeld | - | Rot-Weiß Erfurt | 2:0 | ||||
| 28. Round | 02/03/2013 | Rot-Weiß Erfurt | - | 1. FC Saarbrücken | 1:2 | ||||
| 33. Round | 13/04/2013 | Rot-Weiß Erfurt | - | SpVgg Unterhaching | 1:0 | ||||
| 38. Round | 18/05/2013 | Hansa Rostock | - | Rot-Weiß Erfurt | 0:0 |
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