| 3. Round | 16/08/2003 | Preußen Münster | - | Borussia Dortmund II | 0:2 | ||||
| 7. Round | 13/09/2003 | VfR Neumünster | - | Borussia Dortmund II | 1:2 | ||||
| 11. Round | 10/10/2003 | FC St. Pauli | - | Borussia Dortmund II | 1:1 | ||||
| 12. Round | 21/10/2003 | Borussia Dortmund II | - | Dynamo Dresden | 1:1 | ||||
| 14. Round | 03/11/2003 | Borussia Dortmund II | - | Hamburger SV II | 2:0 | ||||
| 28. Round | 25/04/2004 | Borussia Dortmund II | - | FC St. Pauli | 0:2 |  |
|||
| 29. Round | 02/05/2004 | Dynamo Dresden | - | Borussia Dortmund II | 3:1 | ||||
| 31. Round | 15/05/2004 | Hamburger SV II | - | Borussia Dortmund II | 1:1 | ||||
| 30. Round | 19/05/2004 | Borussia Dortmund II | - | Wuppertaler SV | 1:2 | |
|||
| 32. Round | 22/05/2004 | Borussia Dortmund II | - | Holstein Kiel | 2:0 | ||||
| 33. Round | 30/05/2004 | Rot-Weiss Essen | - | Borussia Dortmund II | 3:1 | ||||
| 34. Round | 05/06/2004 | Borussia Dortmund II | - | Chemnitzer FC | 0:2 |
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