1. Round 30/07/1999 Wacker Burghausen - TSF Ditzingen 1:0
2. Round 08/08/1999 Bayern München II - Wacker Burghausen 1:1 yellow card
3. Round 14/08/1999 Wacker Burghausen - SSV Reutlingen 0:1
4. Round 22/08/1999 VfB Stuttgart II - Wacker Burghausen 1:0
5. Round 27/08/1999 Wacker Burghausen - FSV Frankfurt 1:0
6. Round 31/08/1999 Quelle Fürth - Wacker Burghausen 2:2 yellow card
7. Round 04/09/1999 Wacker Burghausen - SC Pfullendorf 1:2
8. Round 11/09/1999 SV Darmstadt 98 - Wacker Burghausen 2:2
13. Round 16/10/1999 Borussia Fulda - Wacker Burghausen 0:1 Goal yellow card
14. Round 23/10/1999 Wacker Burghausen - 1. FC Schweinfurt 05 2:0
15. Round 30/10/1999 VfR Aalen - Wacker Burghausen 2:4 yellow card
16. Round 05/11/1999 Wacker Burghausen - SV Wehen-Taunusstein 1:1
17. Round 13/11/1999 SV Lohhof - Wacker Burghausen 0:2
18. Round 21/11/1999 TSF Ditzingen - Wacker Burghausen 0:0
19. Round 01/03/2000 Wacker Burghausen - Bayern München II 2:0
21. Round 04/03/2000 Wacker Burghausen - VfB Stuttgart II 1:1
22. Round 10/03/2000 FSV Frankfurt - Wacker Burghausen 2:1
23. Round 21/03/2000 Wacker Burghausen - Quelle Fürth 2:0
24. Round 24/03/2000 SC Pfullendorf - Wacker Burghausen 0:2
25. Round 02/04/2000 Wacker Burghausen - SV Darmstadt 98 2:3
26. Round 08/04/2000 Wacker Burghausen - VfR Mannheim 5:0
27. Round 15/04/2000 Karlsruher SC II - Wacker Burghausen 1:1 yellow card
28. Round 20/04/2000 Wacker Burghausen - TSV 1860 München II 2:1
29. Round 29/04/2000 FC Augsburg - Wacker Burghausen 2:2
30. Round 05/05/2000 Wacker Burghausen - Borussia Fulda 3:2 Goal
31. Round 13/05/2000 1. FC Schweinfurt 05 - Wacker Burghausen 0:1
32. Round 16/05/2000 Wacker Burghausen - VfR Aalen 2:0
33. Round 21/05/2000 SV Wehen-Taunusstein - Wacker Burghausen 3:1
34. Round 27/05/2000 Wacker Burghausen - SV Lohhof 5:0