| 21. Round | 09/02/2025 | Fortuna Köln | - | 1. FC Köln II | 3:3 |  |
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| 22. Round | 15/02/2025 | 1. FC Köln II | - | SC Wiedenbrück | 1:0 | ||||
| 23. Round | 23/02/2025 | FC Schalke 04 II | - | 1. FC Köln II | 1:0 | ||||
| 24. Round | 02/03/2025 | 1. FC Köln II | - | SV Rödinghausen | 1:0 | |
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| 25. Round | 08/03/2025 | 1. FC Bocholt | - | 1. FC Köln II | 1:0 | ||||
| 26. Round | 15/03/2025 | 1. FC Köln II | - | 1. FC Düren | 1:2 | ||||
| 27. Round | 29/03/2025 | KFC Uerdingen 05 | - | 1. FC Köln II | annull. | ||||
| 28. Round | 05/04/2025 | Bor. Mönchengladbach II | - | 1. FC Köln II | 0:4 | |
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| 29. Round | 11/04/2025 | 1. FC Köln II | - | Wuppertaler SV | 0:1 |  |
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| 30. Round | 20/04/2025 | MSV Duisburg | - | 1. FC Köln II | 3:1 | ||||
| 31. Round | 25/04/2025 | 1. FC Köln II | - | Sportfreunde Lotte | 1:3 | ||||
| 32. Round | 03/05/2025 | FC Gütersloh | - | 1. FC Köln II | 2:4 | ||||
| 34. Round | 17/05/2025 | Rot-Weiß Oberhausen | - | 1. FC Köln II | 1:1 |
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