7. Round 05/10/2008 FC Schalke 04 - VfL Wolfsburg 2:2
8. Round 19/10/2008 Hamburger SV - FC Schalke 04 1:1
9. Round 25/10/2008 FC Schalke 04 - Arminia Bielefeld 0:0
10. Round 28/10/2008 Karlsruher SC - FC Schalke 04 0:3
11. Round 01/11/2008 Energie Cottbus - FC Schalke 04 0:2
12. Round 09/11/2008 FC Schalke 04 - Bayern München 1:2
13. Round 15/11/2008 Bayer Leverkusen - FC Schalke 04 2:1
14. Round 22/11/2008 FC Schalke 04 - Bor. Mönchengladbach 3:1
15. Round 30/11/2008 VfB Stuttgart - FC Schalke 04 2:0
16. Round 06/12/2008 FC Schalke 04 - Hertha BSC 1:0
17. Round 14/12/2008 1899 Hoffenheim - FC Schalke 04 1:1
18. Round 31/01/2009 Hannover 96 - FC Schalke 04 1:0
19. Round 07/02/2009 FC Schalke 04 - Werder Bremen 1:0
20. Round 14/02/2009 VfL Bochum - FC Schalke 04 2:1
21. Round 20/02/2009 FC Schalke 04 - Borussia Dortmund 1:1
22. Round 28/02/2009 Eintracht Frankfurt - FC Schalke 04 1:2
23. Round 06/03/2009 FC Schalke 04 - 1. FC Köln 1:0
25. Round 22/03/2009 FC Schalke 04 - Hamburger SV 1:2
26. Round 03/04/2009 Arminia Bielefeld - FC Schalke 04 0:2
27. Round 11/04/2009 FC Schalke 04 - Karlsruher SC 2:0
28. Round 17/04/2009 FC Schalke 04 - Energie Cottbus 4:0
29. Round 25/04/2009 Bayern München - FC Schalke 04 0:1
30. Round 02/05/2009 FC Schalke 04 - Bayer Leverkusen 1:2
31. Round 10/05/2009 Bor. Mönchengladbach - FC Schalke 04 1:0
32. Round 13/05/2009 FC Schalke 04 - VfB Stuttgart 1:2
33. Round 16/05/2009 Hertha BSC - FC Schalke 04 0:0
34. Round 23/05/2009 FC Schalke 04 - 1899 Hoffenheim 2:3