| 17. Round | 23/11/2013 | VfB Stuttgart II | - | 1. FC Heidenheim 1846 | 0:3 | ||||
| 21. Round | 21/12/2013 | 1. FC Heidenheim 1846 | - | MSV Duisburg | 2:2 | ||||
| 22. Round | 25/01/2014 | 1. FC Heidenheim 1846 | - | Chemnitzer FC | 3:0 | ||||
| 23. Round | 01/02/2014 | Borussia Dortmund II | - | 1. FC Heidenheim 1846 | 0:3 | ||||
| 24. Round | 08/02/2014 | 1. FC Heidenheim 1846 | - | SV Darmstadt 98 | 1:1 | ||||
| 26. Round | 22/02/2014 | 1. FC Heidenheim 1846 | - | 1. FC Saarbrücken | 2:1 | ||||
| 32. Round | 29/03/2014 | 1. FC Heidenheim 1846 | - | Rot-Weiß Erfurt | 2:1 |
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