| 1. Round | 16/08/2008 | Bayer Leverkusen | - | Borussia Dortmund | 2:3 | ||||
| 2. Round | 23/08/2008 | Borussia Dortmund | - | Bayern München | 1:1 | ||||
| 3. Round | 30/08/2008 | Energie Cottbus | - | Borussia Dortmund | 0:1 | ||||
| 5. Round | 21/09/2008 | 1899 Hoffenheim | - | Borussia Dortmund | 4:1 | ||||
| 6. Round | 27/09/2008 | Borussia Dortmund | - | VfB Stuttgart | 3:0 | ||||
| 7. Round | 05/10/2008 | Borussia Dortmund | - | Hannover 96 | 1:1 | ||||
| 8. Round | 18/10/2008 | Werder Bremen | - | Borussia Dortmund | 3:3 | ||||
| 9. Round | 26/10/2008 | Borussia Dortmund | - | Hertha BSC | 1:1 | ||||
| 15. Round | 30/11/2008 | Borussia Dortmund | - | VfL Wolfsburg | 0:0 | ||||
| 21. Round | 20/02/2009 | FC Schalke 04 | - | Borussia Dortmund | 1:1 |  |
|||
| 22. Round | 28/02/2009 | Borussia Dortmund | - | 1899 Hoffenheim | 0:0 | ||||
| 25. Round | 21/03/2009 | Borussia Dortmund | - | Werder Bremen | 1:0 |
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